Miesiąc: marzec 2017

Przewodnik po pakiecie R przetłumaczony na Python


Kody R, wykorzystywane w czterech rozdziałach ,,Przewodnika po pakiecie R”, są dostępne jako pliki knitra na tej stronie.

Krzysztof Trajkowski wykonał niesamowitą pracę, wszystkie te kody przetłumaczył na Python!
Można teraz zestawić przykłady z tych samych podrozdziałów Przewodnika i zobaczyć jak daną operacje wykonać w R a jak w Pythonie.
Tłumaczenia przykładów z Przewodnika na Python, również w formie skryptów knitrowych, znajdują się na tej stronie.

Nie są to zwykłe tłumaczenia!
Przykładowo, rozdział 5 ,,Przewodnika po pakiecie R” dotyczy bibliotek lattice, ggplot2 i graphics – trzech podstawowych systemów dla grafiki w R. W tłumaczeniu tego rozdziału, które wykonał Krzysiek, opisywana jest biblioteka seaborn bazująca na matplotlib, w której udało się odtworzyć całkiem wiernie zdecydowaną większość grafik eRowych (jeden z przykładów poniżej).
A niektóre grafiki, muszę przyznać, wyglądają ciekawiej niż oryginały.

PrzewodnikR_python

Krzysiek przygotował też dokument ,,Wprowadzenie do obliczeń w Pythonie”, dostępny jako pdf na tej stronie.

Poland: Into the light

Siedzę sobie na konferencji Contemporary Oncology, słucham keynote’a z Kalifornii (Nicholas Schork) a ten mówi, że niecały miesiąc temu w Nature / Careers (Nature, to prawdopodobnie obok Science najbardziej rozpoznawane naukowe czasopismo), był artykuł o tym jak szybko się rozwija polska nauka (z uwagi na czasopismo głównie chodzi o nauki o życiu).

Artykuł o tytule Poland: Into the light jest w całości dostępny online. Ku pokrzepieniu serc 😉

DIY – cheat sheets

I found recently, that in addition to a great list of cheatsheets designed by RStudio, one can also download a template for new cheatsheets from RStudio Cheat Sheets webpage.
With this template you can design your own cheatsheet, and submit it to the collection of Contributed Cheatsheets (Garrett Grolemund will help to improve the submission if needed).

Working on a new cheatsheet is pretty enjoying. You need to squeeze selected important stuff into a quite small surface like one or two pages.
Lots of fun.
I did it for eurostat and survminer packages (cheatsheets below).
And would love to see one for caret.

Przecinające się krzywe przeżycia

Spotkałem się ostatnio z ciekawym problemem.
Mamy dwie grupy pacjentów na dwóch różnych schematach leczenia i chcemy porównać ich dalsze losy, a konkretnie krzywe niepowodzenia leczenia (prawdopodobieństwo zgonu/wznowy).
Na pierwszy rzut oka klasyczna analiza przeżycia, test log-rank i po sprawie.

Ale szybko okazuje się, że krzywe przeżycia się przecinają, co więcej oczekiwać można tego po wcześniejszej rozmowie z lekarzem. Jeden schemat leczenia jest bardziej agresywny więc może prowadzić do gorszych rokowań krótkookresowych, ale lepszych w dalszej perspektywie.

Klasyczny test dla krzywych przeżycia oparty jest o odległość pomiędzy krzywymi, mierzoną jest jako ważona suma kwadratów odległości w poszczególnych punktach. Ale gdy krzywe się przecinają to taki test ma niską moc i nie ma sensu go stosować.

A więc co robić?
Ciekawe studium symulacyjne porównujące różne podejścia do testowania przecinających się krzywych zostało opublikowane dwa lata temu w Plos One (!).
Okazuje się, że dobrze sprawdza się rodzina testów Renyi, która jest oparta o supremum ważonych odległości pomiędzy krzywymi przeżycia.
W R te testy są zaimplementowane w pakiecie survMisc w funkcji comp. Jest to znacznie mocniejszy test dla przecinających się krzywych.

A przy okazji, okazuje się, że zmianę w hazardach w rozpatrywanym problemie dobrze ilustrują reszty Schonefelda. Poniższy wykres pokazuje, że hazard w jednej grupie jest znacznie wyższy do 12 miesiąca, a później gorsze losy czekają pacjentów drugiej grupy.

Oba wykresy wykonane pakietem survminer.

Opisy osi usunąłem ponieważ wyniki tych analiz jeszcze nie są opublikowane, ale też nazwy nie mają większego znaczenia.

Mapy statystyczne. Opracowanie i prezentacja danych. GUS

Dzisiaj obchodzimy Dzień Statystyki Polskiej.
I tak się złożyło, że od Macieja Beręsewicza dostałem też link do bardzo ciekawego podręcznika GUS: Mapy statystyczne. Opracowanie i prezentacja danych (więcej informacji tutaj).

Podręcznik to ponad 250 stron podzielonych na 6 głównych rozdziałów. W środku jest wiele ciekawych grafik jak i wiele przykładów poprawnych i niepoprawnych opracowań. Nie trzeba się z każdym przykładem zgadzać, ale warto każdy z nich znać. Dla kartografów to pozycja obowiązkowa ale i statystykom nie zaszkodzi.

PS: Pamiętajcie o dzisiejszych trzecich urodzinach SERa. Siłą R jest jego energiczna i rozbudowana społeczność użytkowników i developerów. Dzisiaj świętujemy.

Sprawozdania krajowe Komisji Europejskiej

Marcin Grynberg zwrócił moją uwagę na niedawno opublikowane sprawozdania krajowe Komisji Europejskiej poświęcone (między innymi) sytuacji ekonomicznej krajów członkowskich. Sprawozdanie poświęcone Polsce jest dostępne tutaj.
Nieduże (niecałe 50 stron plus załączniki) ale konkretne i ciekawe.
Przykładowo, można w nim znaleźć informacje dotyczące konsekwencji reformy emerytalnej i jej wpływu na wysokość emerytury (polecam wykres 3.3.2) czy prognozy co do wysokości długu publicznego (polecam wykres 3.1.2).
Poniżej odniosę się do trzech innych wątków poruszanych w tym sprawozdaniu. Tematów związanych z nauką, badaniami i edukacją.


Po prawej wykres prezentujący wydatki publiczne na R&D (czy z polska BiR) zestawione z ilością wysoko cytowanych publikacji. Pozycja Polski w tym zestawieniu jest zaznaczona czerwoną kropką.
Komentarz nie jest chyba potrzebny, ograniczę się jedynie do cytatu ze sprawozdania: ’Niewielki stopień komercjalizacji wyników badań naukowych oraz słabe powiązania między sektorem nauki i sektorem biznesu ograniczają zdolność innowacyjną gospodarki.’


Kolejny wykres, który zwrócił moją uwagę dotyczy liczby uczniów rozpoczynających naukę w 1 klasie szkoły średniej (wykres po lewej).
W 2019 roku ma to być ponad 350 tys. uczniów a w 2024 roku poniżej 100 tys uczniów.
Ponad 4x mniej.
Później te fale uderzą o wrota uczelni wyższych.
Konsekwencja szybkich reform poprzedniego rządu (między innymi dwa lata na przejście z wiekiem rozpoczęcia szkoły podstawowej na 6 lat) i galopujących reform obecnego (1 rok na przejście ze startem podstawówki na 7 lat).
Cytat z raportu: Reforma systemu szkolnictwa od września 2017 r. budzi szereg obaw wśród zainteresowanych podmiotów.


Niektóre wskaźniki wglądają dobrze. Bezrobocie nadal spada, płace średnie (powoli) rosną.
Cytat: Przewiduje się, że spodziewane niekorzystne zmiany na rynku pracy spowodują szybszy wzrost płac i potencjalnie niedobór pracowników.
Cytat: Po kilku latach silnego wzrostu dochodów nierówności zmniejszyły się i ich poziom jest obecnie niższy od średniej unijnej.


Uważam, że jednym z największych wyzwań jest demografia. Więc i to zestawienie wykresów kończę rysunkiem związanym z prognozami demograficznymi. Zgodnie z prognozą zakładającą zerową migrację w ciągu 35 lat liczba osób w wieku produkcyjnym zmniejszy się o 19%. A czy produktywność i innowacyjność przyszłych pracowników zwiększy się wystarczająco by zrekompensować mniejsza liczbę rąk do pracy?

Całe sprawozdanie można pobrać i w języku angielskim i polskim.