Pakiet slidify a prezentacje HTML5 w programie R

W poprzednim wpisie przedstawiałem prezentację dotyczącą statystyk nowotworu piersi. Dziś chciałbym napisać trochę o stronie technicznej, jak powstała ta prezentacja.

W skrócie: została ona wykonana z użyciem pakietu slidify dla R (http://slidify.org/). Pakiet slidify działa podobnie do pakietu knitr, z tą różnicą że w formacie markdown+r opisujemy zawartość poszczególnych slajów (jest to bardzo proste). Następnie mieszanina markdown+r jest konwertowana do prezentacji w postaci strony HTML5. Format HTML5 daje dużo możliwości jeżeli chodzi o interaktywność. W wyniku otrzymujemy prezentację, którą bardzo łatwo umieścić online, wygląda czytelnie i estetycznie (ok, gdybym dziś ją robił to zmieniłbym krój czcionki).

A co najważniejsze w takiej mieszaninie r+markdown możemy umieszczać wykresy/tabele/liczby wyznaczone bezpośrednio w R. Co jest niesamowicie potężnym narzędziem, daje duże możliwości generowania reużywalnych prezentacji/raportów.

Poniżej znajduje się przykład ,,definicji” jednego slajdu z poprzednio prezentowanej prezentacji.

---

### Wielkość guza u zdiagnozowanych kobiet [Polska]

{r fig.width=14, fig.height=5.5}
dane = read.csv("bazaDanych.csv", header=FALSE, sep=";")

par(mar=c(4,8,4,4))
boxplot(dane[,7]~dane[,1], horizontal=TRUE, las=1, xlab="Wielkość guza [mm]", range=10, bty="n",
lend=1, col="#9400D3")
axis(1, seq(0,80,10))
abline(v=0, col="grey", lty=3)

Btw: RStudio pracuje nad własną wersją takiego generatora prezentacji. Na konferencji use!R 2013 dostępna była późna alfa/wczesna beta. Więc pewnie niedługo takie prezentacje będzie można generować łatwo w samym RStudio.

Statystyki dotyczące nowotworu piersi

Jakiś czas temu agencja ExpertPR poprosiła naszą Fundację o zaprezentowanie statystyk dotyczących nowotworu piersi w Polsce. Temat bardzo mnie zainteresował (spędziłem w przeszłości kilka lat na współpracy z onkologami w analizie danych dotyczących nowotworów). Przygotowaliśmy więc prezentację, a Pani Prezes ją przedstawiła.

Dziś chciałbym w skrócie tę prezentację zaprezentować na blogu.

Link do prezentacji znajduje się tutaj. Poniżej prezentowane wykresy są ,,klikalne” i przekierowują na wskazaną stronę prezentacji. Cała prezentacja została wykonana w czystym R [o technikaliach napiszę więcej w czwartek].

W prezentacji przedstawione są wybrane informacje o epidemiologii choroby, o postępach w walce z tą chorobą i o postrzeganiu tej choroby [wybrane, temat jest zdecydowanie szerszy niż pozwalała na jego omówienie półgodzinna prezentacja]. Poniżej przedstawiam cztery wybrane slajdy.

Rośnie liczba zdiagnozowanych przypadków raka piersi

Jak widzimy na poniższym wykresie liczba zdiagnozowanych przypadków szybko rośnie. Ta informacja ma pozytywny wydźwięk. Dlaczego? Rosnąca liczba zdiagnozowanych przypadków jest związana z coraz wcześniejszym wykrywaniem nowotworu. A to z kolei znacząco zwiększa szansę na powodzenie leczenia.

Rośnie liczba artykułów na temat raka piersi

I artykułów naukowych (jest to bardzo gorąca dziedzina badań) i artykułów ,,popularnonaukowych”. To również pozytywne zjawisko. Jednym z problemów pacjentów jest trudność w dotarciu do informacji o chorobie, niepewność, jak leczenie wygląda w Polsce. Większa dostępność informacji o chorobie pomaga chorym przynajmniej w tym aspekcie.

Media społecznościowe a rak piersi

Okazuje się, że media społecznościowe spełniają ważną rolę grupy wsparcia dla osób chorych. Nie mówią tu o akcjach typu klikamy ,lubię tu’, ale o miejscu gdzie osoby chore mogą się spotkać i podzielić obawami/przeżyciami/pytaniami.

Zaskoczony byłem, że np. na Twitterze funkcjonuje kanał #BCSM (Breast Cancer Social Media), na którym organizowane są wideo konferencje, odczyty, przemowy zaproszonych osób. W trakcie takiej konferencji na wskazanym kanale słuchacze dzielą się komentarzami.

Podobne inicjatywy można spotkać na innych mediach.

Przeżywalność 5-letnia a różne czynniki

Nikt nie wie jak potoczą się losy konkretnego chorego. Ale patrząc na średnie można odczytywać jak szanse na przeżycie np. pięciu lub dziesięciu lat zmieniają się w zależności od wielkości i złośliwości odkrytego guza. Zupełnie zgodne z oczekiwaniami jest to, że guzy wcześnie wykryte znacznie lepiej rokują, jeżeli chodzi o szanse leczenia. Ale o ile lepiej i jakie są ,,wyjściowe” szanse?

Więcej informacji można znaleźć w cytowanej prezentacji.