Tabela 1 a pakiet Gmisc

Tworząc raporty często początkowe tabele są do siebie podobne – przedstawiają statystyki opisowe zmiennych. Bardziej złożone statystyki są zazwyczaj później.

W przypadku prac bio-medycznych używa się sformułowania Tabela 1 – czyli pierwsza tabela w artykule, zazwyczaj przedstawiająca statystyki opisowe porównywanych grup (np terapia A/B/C).

Ostatnio odkryłem pakiet Gmisc – fantastyczne wsparcie do szybkiego tworzenia (dobrze wyglądających) tabel prosto z poziomu knitra. Poniższy przykład dotyczy tabeli z podsumowaniem, ale możliwości tego pakietu są znacznie większe.

Przykładowo, taki krótki kawałek kodu (nazwy ważnych zmiennych usunąłem ze zrozumiałych powodów)

# Wczytujemy pakiet
library(Gmisc)

# Pomocniczna funkcja tworząca opis zmiennej x w grupach określonych przez dane[,9]. 
# Nazwy zmiennych usunąłem z oczywistych powodów
getTable1Stats <- function(x, ...){
  getDescriptionStatsBy(x = x, by = dane[,9],
                        statistics = TRUE, ...)
}

# Do tabeli tworzymy listę podsumowań dla kolejnych zmiennych
t1 <- list()
t1[["Wiek"]] <- getTable1Stats(x = dane[,1])
t1[["Morfologia mikrozwapnień"]] <- getTable1Stats(x = dane[,2])
t1[["Rozległość mikrozwapnień"]] <- getTable1Stats(x = dane[,3])
t1[["BIRDAS"]] <- getTable1Stats(x = dane[,4])

# i renderujemy całą tabelę
mergeDesc(t1)

Generuje taką tabelkę prosto do html (lub pdf a nawet Word)

Więcej o tym jak konstruować tabele z pakietem Gmisc można znaleźć w ilustracji Gmisc CRAN lub blogu autora.